经过五百年的轮回，前作中《聪明伦文叙》中的明代状元伦文叙等人，一起穿越历史时空来到了现代社会，大家聚集在咸蛋小学。 在咸蛋小学里，我们的主人公伦文叙机智聪明，才华横溢，常常为同学出谋划策，解决困难；伦文叙最好的搭档——欧小仙，是个看起来非常萌的小神仙，在下凡时出点意外导致失忆，会一点奇妙但又不靠谱的法术。他们俩和活泼又捣蛋的同学和奇葩老师们弄得咸蛋小学不得安宁。 尽管校长誓将咸蛋小学建设成为全国优秀名校，却因长期经营不善，濒临倒闭，这引起金蛋小学校长的觊觎。贵族学校金蛋小学，财大气粗，一直伺机吞拼咸蛋小学：被收买了的咸蛋小学训导主任时常上演无间道，给伦文叙和咸蛋小学添乱；而金蛋小学的学生又不时上门挑衅，给咸蛋小学制造难题和危机。 伦文叙和同学们在这个危机四伏却又充满温馨的校园内一起学习和生活，一起经历风雨和彩虹，演绎了一出出搞怪爆笑的现代校园喜剧。
